Hlavní rozdíl: FAT32 a NTFS jsou systémy souborů a diskové standardy používané pro rozdělování a formátování pevných disků. V porovnání s tím je FAT32 starší a jednodušší verze systému souborů NTFS, což je nová a dobře vybavená verze souborového systému.

FAT32 je verze tabulky přiřazení souborů, která je k dispozici v operačních systémech Windows 95 OSR 2 a Windows 98. Jedná se o společný souborový systém, který se používá ve většině počítačů. Systém souborů získal své jméno z toho, že používá tabulku 32bitového úložiště. Jeho základní funkcí je zaznamenávat adresy disků každého souboru během oddílů. Souborový systém může mít až 24 oddílů, které mohou být v rozmezí od 32 MB do 137 GB. Tyto oddíly pracují pod operačním systémem Windows 9x a odpovídají za dostupnost místa na pevném disku. Existují omezení operačního systému Windows 9x, které je třeba vzít v úvahu při vytváření oddílů. Všechny zbývající operační systémy používají souborový systém FAT32 podle jejich souladu a schopnosti. Souborový systém FAT32 se obvykle používá jako prostředek pro ukládání souborů v počítači se systémem Windows 9x na oddílu nepřesahujícím 126 GB.

FAT32 poskytuje následující vylepšení oproti starším verzím FAT:

• FAT32 podporuje disky o velikosti až 2 terabajty.
• FAT32 efektivněji využívá prostor.
• FAT32 používá menší clustery (tedy 4-KB clustery pro disky o velikosti až 8 GB), což vede k 10 až 15% efektivnějšímu využití místa na disku vzhledem k velkým diskům FAT nebo FAT16.
• FAT32 je robustnější ve srovnání se staršími verzemi FAT.
• FAT32 je flexibilnější; její kořenová složka řídí běžný řetězec clusterů, který umožňuje, aby souborový systém byl dostupný v každém rohu jednotky.

NTFS je pokročilý a bohatý souborový systém. Zkratka NTFS znamená Nový technologický souborový systém. Tento souborový systém je nejpokročilejší a nejnovější souborový systém; má vysoce pokročilé techniky psaní, zlepšené zabezpečení a vysokou schopnost využití prostoru. Pevný disk při formátování je rozdělen na oddíly nebo hlavní oddíly. V každém oddílu operační systém sleduje všechny soubory, které jsou uloženy v daném OS (operačním systému). Každý soubor je tedy nyní uložen na pevný disk v jednom nebo více formátech clusteru nebo skupiny, které se pohybují od 512 bajtů po 64 bajtů. Soubory jsou zaznamenány do speciálního formátu souborů v systému souborů NTFS. Tento formát souborů se nazývá Master File Table (MFT). Tyto záznamy se dále používají k vyhledání souborů, pokud jsou rozptýleny mezi klastry. NTFS se také pokusí nalézt přilehlý úložný prostor, který obsahuje celý soubor spolu s jeho clustery.

Některé z nejdůležitějších rysů NFTS jsou:

• Systém souborů NTFS používá schéma adresářů b-tree pro sledování souborů clusterů.
• NTFS ukládá informace o jakémkoli clusteru souborů a dalších datech.
• NTFS podporuje velké soubory (v rozsahu až 2 až 64. nebo přibližně 16 miliard bajtů ve velikosti).
• NTFS se skládá z seznamu řízení přístupu (ACL), který umožňuje správci serveru ovládat uživatele, který přistupuje k určitým souborům.
• NTFS má integrovaný systém pro kompresi souborů.
• NTFS podporuje systém Unicode, který je založen na jmenovacím systému.
• NTFS spolu s delšími názvy souborů také podporuje názvy "8 x 3".
• Poskytuje zabezpečení dat jak na vyměnitelných, tak na pevném disku.

Srovnání mezi FAT32 a NTFS:

	FAT32	NTFS
Akronym	Tabulka přidělení souborů 32	Nový technologický souborový systém.
Zavedení	Byl představen v roce 1977.	Byl představen v roce 1993.
Oni jsou	FAT32 je standardní systém, protože podporuje více verzí systému Windows.	Systém NTFS je podporován v novějších verzích systému Windows, jako jsou Windows XP, Windows 2000 a vyšší.
Verze	FAT32 je starší souborový systém společnosti Microsoft.	NTFS je aktuální souborový systém používaný systémem Windows.
Velikost souboru	Maximální velikost souboru 4 GB.	Velikost souboru omezena velikostí hlasitosti.
Podpora a požadavek OS	Nepodporuje službu Windows 2000 nebo Windows 2003 Active Directory.	Vyžaduje použití systému Windows 2000 nebo Windows 2003 Active Directory nebo sdílených jednotek clusteru.
Přístup	Nepovoluje přístup k souborům na pevném disku pomocí systému MS-DOS.	Nepovoluje přístup k souborům na pevném disku pomocí systému MS-DOS.
Možnost obnovy	Nemá možnost obnovit z některých chyb souvisejících s diskem automaticky.	Má schopnost automaticky obnovit některé chyby související s diskem.
Rychlost zpracování souborů	Je pomalý v procesu přenosu souborů.	Je to rychlejší v procesu přenosu souborů.
Metoda komprese souborů	FAT32 nepodporuje kompresi souborů.	NTFS podporuje kompresi souborů.
Konverze	FAT32 lze převést na systém souborů NTFS.	Je obtížné převést NTFS zpět na FAT32.